云高性能计算 CHPC ：基因研究的加速器（二）使用Docker工作流示例

在当今科技迅速发展的时代，基因行业正面临前所未有的数据挑战和机遇。随着基因测序技术的不断进步和普及，生成的数据量急剧增加，传统的数据处理方法已难以满足现代基因学的需求。高性能计算（HPC）在此背景下显得尤为重要，它不仅能加速基因数据的处理速度，还能提高数据分析的准确性和效率。

百度智能云云高性能计算平台 CHPC 的基因分析平台广泛用于基因数据从样本到报告的分析过程。典型应用场景包括基因数据分析、测序生产自动化和基因云平台开发等。

在上文 云高性能计算 CHPC ：基因研究的加速器（一）-CSDN博客 中，我们介绍了百度智能云 CHPC 基因分析平台中工作空间的使用方法，使用流程如下：

同时，我们也为大家举例使用网盘工作流的具体操作指南，本篇文章将为大家详细介绍百度智能云 CHPC 基因分析平台使用 Docker 工作流示例。

介绍百度智能云 CHPC 基因分析平台支持 Docker 运行作业。

WDL 支持 Docker 相关参数，如下表：

注意事项：

• Docker镜像目前支持百度CCR公有镜像
• 建议把自定义软件打包在Docker镜像中

示例 WDL 文件如下：

version 1.0
workflow myWorkflow {
    call myTask
}

task myTask {
    input {
        String input_fasta
        String output_fasta
    }
    command {
        clustalo -i "${input_fasta}" -o "${output_fasta}"
    }
    runtime {
        memory: "1 GB"
        cpu: "1"
        queue: "default_queue"
        # docker镜像，目前仅支持内网或者公共镜像
        docker: "registry.baidubce.com/kun-public/clustalomega:latest"
        # 指定docker用户
        docker_user: "root"
    }
    output {
        String out = "${output_fasta}"
    }
}

最后，使用工作流创建运行任务。

1、选择工作流
在工作空间的工作流列表中，点击“运行”

2、输入 input 参数，点击提交 

3、查看运行状态 

 4、运行执行完毕后，查看结果 

欢迎了解百度智能云云高性能计算平台 CHPC 

原文地址：https://blog.csdn.net/Foolforuuu/article/details/143944605

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