RFdiffusion get_mappings函数解读

get_mappings为ContigMap类的方法（contigs.py）, 该方法的主要作用是构建并返回一个包含各种映射信息的字典，用于在不同编号系统之间转换，同时关联残基设计区域、掩码以及参考编号等数据。

源代码：

 def get_mappings(self):
        mappings = {}
        mappings["con_ref_pdb_idx"] = [i for i in self.inpaint if i != ("_", "_")]
        mappings["con_hal_pdb_idx"] = [
            self.inpaint_hal[i]
            for i in range(len(self.inpaint_hal))
            if self.inpaint[i] != ("_", "_")
        ]
        mappings["con_ref_idx0"] = np.array(self.ref_idx0_inpaint)
        mappings["con_hal_idx0"] = np.array(self.hal_idx0_inpaint)
        if self.inpaint != self.ref:
            mappings["complex_con_ref_pdb_idx"] = [
                i for i in self.ref if i != ("_", "_")
            ]
            mappings["complex_con_hal_pdb_idx"] = [
                self.hal[i] for i in range(len(self.hal)) if self.ref[i] != ("_", "_")
            ]
            mappings["receptor_con_ref_pdb_idx"] = [
                i for i in self.receptor if i != ("_", "_")
            ]
            mappings["receptor_con_hal_pdb_idx"] = [
                self.receptor_hal[i]
                for i in range(len(self.receptor_hal))
                if self.receptor[i] != ("_", "_")
            ]
            mappings["complex_con_ref_idx0"] = np.array(self.ref_idx0)
            mappings["complex_con_hal_idx0"] = np.array(self.hal_idx0)
            mappings["receptor_con_ref_idx0"] = np.array(self.ref_idx0_receptor)
            mappings["receptor_con_hal_idx0"] = np.array(self.hal_idx0_receptor)
        mappings["inpaint_str"] = self.inpaint_str
        mappings["inpaint_seq"] = self.inpaint_seq
        mappings["sampled_mask"] = self.sampled_mask
        mappings["mask_1d"] = self.mask_1d
        return mappings

代码解读：

1. 映射：con_ref_pdb_idx

mappings["con_ref_pdb_idx"] = [i for i in self.inpaint if i != ("_", "_")]

• con_ref_pdb_idx: 一个列表，表示 

原文地址：https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/144352438

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