文本处理三驾马车之Galaxy版awk
我们前面介绍了awk在Linux系统下的使用,见前文:
Galaxy 平台(UseGalaxy.cn)也整合了awk 工具,可以方便地对表格数据进行报表生成。
测试数据
UseGalaxy.cn > 数据共享 > 数据库 > Table data > iris.tsv,选定数据
点击上方的 Add to History
选择 as Datasets。
操作
工具:Text reformatting with awk (Galaxy Version 1.1.2)
筛选文件中第一列大于5的行:
File to process *:iris.tsv
AWK Program:NR > 1 && $1 > 5
结果显示:
筛选文件中第一列大于5的行,并且保留表头(第一行):
File to process *:iris.tsv
AWK Program:NR == 1 || $1 > 5
结果显示:
讨论
Galaxy平台只是整合了awk,为其提供界面化操作接口。至于awk命令的书写规范,跟其在Linux下的完全相同,如下图所示:
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