查找rRNA：barrnap，宏转录组去除rRNA：SortMeRNA
安装 barrnap
barrnap：GitHub - tseemann/barrnap: :microscope: Bacterial ribosomal RNA predictor
mamba create -c conda-forge -c bioconda -n Barrnap perl=5 hmmer bedtools=2.27
mamba activate Barrnap
mamba install -c bioconda -c conda-forge barrnap
barrnap --help使用 barrnap
barrnap --kingdom bac --threads 8 --outseq bac_rRNA.fasta --quiet examples/bacteria.fna > bac_rRNA.gff3安装 SortMeRNA
SortMeRNA：GitHub - sortmerna/sortmerna：SortMeRNA：下一代序列过滤和比对工具
mkdir sortmerna
cd sortmerna
# get the distro
wget https://github.com/biocore/sortmerna/releases/download/v4.3.6/sortmerna-4.3.6-Linux.sh
# view the installer usage
bash sortmerna-4.3.6-Linux.sh --help
Options: [defaults in brackets after descriptions]
--help print this message
--version print cmake installer version
--prefix=dir directory in which to install
--include-subdir include the sortmerna-4.3.6-Linux subdirectory
--exclude-subdir exclude the sortmerna-4.3.6-Linux subdirectory
--skip-license accept license
# run the installer
bash sortmerna-4.3.6-Linux.sh --skip-license
sortmerna Installer Version: 4.3.6, Copyright (c) Clarity Genomics
This is a self-extracting archive.
The archive will be extracted to: $HOME/sortmerna
Using target directory: /home/biocodz/sortmerna
Extracting, please wait...
Unpacking finished successfully
# check the installed binaries
ls -lrt bin/
sortmerna
# set PATH
vim ~/.bashrc
export PATH=(whole path)/sortmerna/bin/:$PATH
source ~/.bashrc
# test the installation
sortmerna --version
SortMeRNA version 4.3.6
Build Date: Jul 17 2021
sortmerna_build_git_sha:@921fa40256760ea2d44c49b21eb326afda748d5e@
sortmerna_build_git_date:@2022/08/16 10:59:31@
# view help
sortmerna -h
#Please, use database.tar.gz from release 4.3.4.
wget https://github.com/biocore/sortmerna/releases/download/v4.3.4/database.tar.gz
tar -xvzf database.tar.gz # get 4 database
使用 SortMeRNA
sortmerna --ref smr_v4.3_default_db.fasta --reads READS_PATH_1 --reads READS_PATH_2 --threads 180 --workdir dir --paired_out --fastx --out2 --aligned ${num}_aligned --other ${num}_no_rRNA--aligned: 比对上参考数据库的序列，以rRNA数据库为参考文件的话，输出的是rRNA。
--other: 与参考文件比对不上的序列，在这里就是rRNA-free的序列。用法与--aligned一样
--paired_out: flag，表明输入的文件是双端测序文件，一端比对不上的话，把成对的reads都输出到non-aligned的文件中。要与--fastx一起用，与--paired_in相互排斥。
--paired_in: flag，表明输入的文件是双端测序文件，一端比对上就算成对的reads都比对上了。要与--fastx一起用，与--paired_out相互排斥。
查看out/aligned.log
原文地址：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/143507082
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