数据分析：转录组的Hallmark基因富集分析
介绍
Hallmark Gene Set Enrichment Analysis（HGSEA）是一种基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）的特定应用，它专注于分析与特定生物学过程或疾病状态相关的基因集，即“Hallmark”基因集。这些基因集代表了特定的生物学状态或过程，并且在表达上显示出一致性。以下是HGSEA的原理和步骤：
原理
- 基因集的概念：HGSEA基于“基因集”的概念，即一组共享共同生物学功能、染色体位置或调控的基因。
- 富集分析：HGSEA通过评估特定基因集在不同样本或条件下的表达变化，来确定这些基因集是否在统计学上显著富集，从而推断特定生物学过程的激活或抑制状态。
- 减少冗余和变异：通过从多个“创始人”基因集中派生出“精炼”的基因集，HGSEA减少了基因集间和基因集内的变异和冗余，提供了更精炼和简洁的输入，用于基因集富集分析。
原文地址：https://blog.csdn.net/H20230717/article/details/143656003
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