自学内容网 自学内容网

保姆级教程 | 输出分子动力学轨迹文件输出特定原子范围内的化学环境

接这个工作中的前半段保姆级教程 | 分子动力学轨迹筛选目标区域内原子坐标后转第一性计算

之后我又写了个程序:输出特定原子目标范围内的化学环境

思路:特定原子是圆心,目标范围是半径,将周围化学环境离子/分子坐标转化为质心点后计算距离,再与目标范围进行比较,符合留下离子/分子坐标,不符合舍去

5. 编译Fortran程序radius10.f90(转换为质心点->判断距离->判断是否需要输出目标原子坐标)并执行

6. 下载radius.xyz文件,第一行写原子个数,然后再空一行(检查原子名称)。用ovito打开后观察计算即可。


原文地址:https://blog.csdn.net/baguette/article/details/142798302

免责声明:本站文章内容转载自网络资源,如本站内容侵犯了原著者的合法权益,可联系本站删除。更多内容请关注自学内容网(zxcms.com)!