专栏二十一：在单细胞分析中将R语言和Python串联
主要包括两大部分在R中用Python和将R中的内容导入Python进行后续分析。
应该不会有人希望在Python中用R吧
一、在R中用Python
1.reticulate包的使用
挖坑
2.在R中直接读取adata
①构建函数
直接将一个adata文件读取到R里面
###有时候也需要指定环境
library(reticulate)
###构建函数
parse_h5ad <- function(adata){
require(reticulate)
ad <- import("anndata", convert = FALSE)
ada <- ad$read_h5ad(adata)
meta <- py_to_r(ada$obs)
if(class(ada$raw$X)[1] == "scipy.sparse.csr.csr_matrix"){
exp <- t(py_to_r(ada$raw$X$toarray()))
}
else{
exp <- t(py_to_r(ada$raw$X))
}
rownames(exp) <- rownames(py_to_r(ada$raw$var))
colnames(exp) <- rownames(meta)
return(
list(
metadata = meta,
ex原文地址：https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/142835639
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