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py-mmcif包pdbx_poly_seq_scheme对象介绍

在 py-mmcif 包中,pdbx_poly_seq_scheme 是一个关键的对象,用于存储关于多肽链序列的信息。通过 getRowList() 方法可以获取每一行数据,每一行包含了描述多肽链的不同属性。getIndex() 方法可以用于获取这些属性的索引值,以便通过行数据的列表提取相应字段的值。

getIndex() 获取字段

通过 pdbx_poly_seq_scheme.getIndex(field_name),可以获得每个字段在行数据中的索引位置,然后用这个索引从每一行的列表中提取该字段的值。常见的字段包括:

  1. entity_id:实体 ID,用于标识多肽链所属的生物实体。多个链可以属于同一个实体,通常表示这些链属于同一个生物分子(如同一条蛋白质)。
  2. seq_id:序列 ID,表示残基在蛋白质序列中的位置,通常是一个整数。
  3. mon_id:残基名称,通常是氨基酸的三字母代码(例如,ALA 表示丙氨酸,GLY 表示甘氨酸)。
  4. asym_id:不对称单元 ID,用于标识具体的链。一个实体(entity_id)可以包含多个链(asym_id 不同)。
  5. pdb_seq_num:PDB 文件中使用的残基序列号。

原文地址:https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/142573396

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