专栏十九:单细胞大数据时代使用scvi和scanpy整合数据
慢更ing,主要是记录自己在分析中的一些困惑
一、基础知识和解惑
放在最前面,是因为scvi整合不像harmony,傻瓜式操作,很多地方还是要注意一下的。
1.如何正确的寻找HVGs
一般我们使用的函数就是scanpy.pp.highly_variable_genes,里面的参数较为复杂。
Expects logarithmized data, except when flavor='seurat_v3'
/'seurat_v3_paper'
, in which count data is expected.
2.Latent的概念
Q:Latent参数在哪里设置?运行后又储存在哪里?
A:首次出现应该在模型训练前
model = scvi.model.SCVI(adata,n_latent&
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