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专栏十九:单细胞大数据时代使用scvi和scanpy整合数据

慢更ing,主要是记录自己在分析中的一些困惑

一、基础知识和解惑

放在最前面,是因为scvi整合不像harmony,傻瓜式操作,很多地方还是要注意一下的。

1.如何正确的寻找HVGs

一般我们使用的函数就是scanpy.pp.highly_variable_genes,里面的参数较为复杂。

Expects logarithmized data, except when flavor='seurat_v3'/'seurat_v3_paper', in which count data is expected.

参考资料1

2.Latent的概念

Q:Latent参数在哪里设置?运行后又储存在哪里?

A:首次出现应该在模型训练前

model = scvi.model.SCVI(adata,n_latent&

原文地址:https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/142770273

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